OpenMM
OpenMMは、分子動力学シミュレーションのためのオープンソースのライブラリであり[1]、パンデ研究室[2]によって管理されている[3]。Python、C++、Fortranなどの言語に対応しており、GPUで高速化する機能を持っている。また、AMOEBA、GROMACS、AMBERなどの他の分子シミュレーションツールとのインタフェースも可能である。スタンフォード大学の研究者ビジェイ・S・パンデが作成したこのプロジェクトは、GitHubで自由に利用できるようになっている[4]。
| 作者 | パンデ研究室 |
|---|---|
| 初版 | 2008年9月9日 |
| 最新版 |
7.4.2
/ 2020年5月26日 |
| プログラミング 言語 | C, C++, Fortran, Python |
| 対応OS | Microsoft Windows, macOS, Linux |
| 種別 | ライブラリ |
| ライセンス | MIT。ただしCUDAとOpenCLプラットフォームに関してはLGPL。 |
| 公式サイト |
openmm |
プログラムの歴史
編集プログラムの最初のバージョンであるプレビューリリース1は2008年9月にリリースされ[5]、最初の安定版である1.0は2010年1月にリリースされ[6]、すでにOpenCLとCUDA GPU言語のサポートが含まれている[7]。最終公開バージョンは2020年5月の7.4.2である[8]。
目的
編集OpenMMライブラリは、その柔軟性と精度の高さから、理論化学からアルツハイマー病やハンチントン病などの病気の研究まで、様々な分野の研究に利用されている[9]。
関連項目
編集Folding@home分散コンピューティングプロジェクトでは、科学者が様々な疾患に対する新しい治療法を開発できるよう支援することを目的に、タンパク質の動的なふるまいをシミュレーションするためにOpenMMライブラリを用いている[10]。
脚注
編集- ^ P. Eastman, J. Swails, J. D. Chodera, R. T. McGibbon, Y. Zhao, K. A. Beauchamp, L.-P. Wang, A. C. Simmonett, M. P. Harrigan, C. D. Stern, R. P. Wiewiora, B. R. Brooks, and V. S. Pande. (2017). “OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.”. PLOS Comp. Biol. 13(7): e1005659. doi:10.1371/journal.pcbi.1005659.
- ^ “Pande Lab - Vijay Pande's Lab at Stanford University”. 2017年9月11日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年7月19日閲覧。
- ^ “OpenMM”. 2020年7月18日閲覧。
- ^ “OpenMM GitHub repo”. 2020年7月19日閲覧。
- ^ “OpenMM Preview Release Now Available” (2008年9月9日). 2020年7月19日閲覧。
- ^ “Major Milestone for OpenMM: v1.0 Released” (2010年1月21日). 2020年7月19日閲覧。
- ^ “OpenMM Developer Guide”. 2020年7月19日閲覧。
- ^ “OpenMM 7.4.2” (2020年5月26日). 2020年7月19日閲覧。
- ^ “Papers & Results”. 2020年7月19日閲覧。 “Here are our peer-reviewed results from Folding@home. (Folding@homeによるピアレビューの結果)”
- ^ “OpenMM” (2007年11月6日). 2020年7月19日閲覧。