海軍奉行(かいぐんぶぎょう)は、幕末に江戸幕府により設置された役職である。役料は5000石。
慶応元年(1865年)に設置される。初代は下野黒羽藩大関増裕。翌年には海軍奉行を補佐する海軍奉行並が設けられる。軍艦奉行の上役として幕府海軍を統括した。慶応2年(1866年)に海軍総裁が常設されると、その下役となった。
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