- 1956年(昭和31年) - 全国あん摩師、はり師、きゅう師、柔道整復師養成施設協会として創設
- 1970年(昭和45年) - 柔道整復師法が単独法として制定されたのに伴い、全国あん摩マッサージ指圧師、はり師、きゅう師養成施設協会に改称
- 1973年(昭和48年) - 大阪4校の鍼灸養成施設が日本東洋医学学校協会を独立結成
- 1979年(昭和54年) - 日本東洋医学学校協会と合併し全国東洋医学学校協会結成
- 1985年(昭和60年) - 社団法人化に伴い、現名称に改める
あん摩マッサージ指圧、はり、きゅうの教育に関する調査研究の他に、鍼灸養成施設で使用する教科書、参考書等の教材の研究開発、学校教員の養成、研修その他資質の向上等を行っている。